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黃路生院士領銜在國際頂級學術期刊頒發嚴重科研功效

宣布者:gaoyun宣布時候:2021-02-18閱讀次數:799

217日,黃路生院士團隊在《Nature Communications 》頒發嚴重科研功效,供給了今朝為止范圍最為弘大的豬腸道微生物基因集和基于宏基因組組裝的微生物基因組。黃路生院士及黌舍首席傳授陳從英作為配合通信作者、2018級博士研討生周云燕為配合第一作者、江西農業大學為獨一通信作者單元,頒發題為Expanded catalog of microbial genes and metagenome-assembled genomes from the pig gut microbiome的研討論文,該研討經由過程操縱普遍來歷的豬腸道菌群樣本,經由過程深度宏基因組測序,構建了整合的豬腸道微生物基因目次(PIGC),此中包羅來自787個腸道元基因組的17,237,052個完全基因,它們以90%的卵白質統一性聚類, 此中28%是未知卵白質。 

黃路生院士團隊操縱分箱闡發,構建了6339個基于宏基因組組裝的微生物基因組(MAG),它們被堆積成2673個物種級別的基因組倉(SGB),此中跨越86%(2309)在以后數據庫中不可用的基因組序列(未知SGBuSGB)。操縱構建的PIGCMAG,該研討比擬了野豬和高度貿易化杜洛克豬腸道微生物組之間的差別。發明二者之間腸道菌群構成差別較著,為從腸道菌群角度闡發野豬抗逆性和貿易豬種高發展速率、高飼料操縱供給開端參考數據。同時,PIGCMAG為豬腸道微生物組相干研討供給了擴大的資本。

家豬供給了人類食用的大局部肉,同時仍是生物醫學研討的植物模子。豬的胃腸道中稀有萬億細菌,它們在宿主的推陳出新、免疫乃至行動中起著相當主要的感化。在腸道菌群與豬主要經濟性狀的因果干系研討中依靠于微生物基因組的可用正文信息。在今朝的數據庫中,只要局部微生物的基因組及相干功效基因的正文信息。參考基因和高品質的微生物基因組是領會特定微生物的功效感化并量化其在腸道微生物組中的品貌的必不可少的資本。可是,約40–50%的腸道微生物缺少參考基因組。

與易受偏倚,敏理性低和腸道微生物組缺少功效性信息的16S rRNA基因測序比擬,宏基因組測序可用于揣度微生物群落的生物學功效,并已逐步用于基于宏基因組聯系關系闡發發掘腸道微生物組與宿主表型之間聯系關系的相干研討中。但操縱今朝經常利用的組裝方式停止宏基因組測序數據闡發時,能夠會發生錯配和嵌合堆疊群,并將較著的偏倚引入成果。是以,火急須要完全的微生物基因目次和參考基因組序列信息來研討腸道微生物組。

在這項任務中,黃路生院士及黌舍首席傳授陳從英率領團隊經由過程對來自差別春秋、性別、種類、地輿地區、差別腸道部位和野豬來歷的500個樣本,停止深度宏基因組測序,并整合了現有的豬腸道菌群基因組,構建了一個今朝為止較為完全的豬腸道微生物基因目次和基于宏基因組組裝的基因組。特別是野豬腸道菌群樣品和空腸、回腸和盲腸內容物樣品的操縱,加強了PIGCMAG的普遍代表性。

作為構建的豬腸道微生物基因集和MAG操縱的典范,該研討還比擬了野豬和高度貿易化杜洛克兩種代表了截然差別的豢養前提下豬腸道微生物組。PIGCMAG為豬腸道微生物組相干研討供給了主要的資本。



報道:宣揚部  考核:肖石軍

 

 

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